随后这艘大明海军第一舰又迎来了一位重要的乘客——前任大明海军司使，新任的大明远征舰队提督！
大明海军有东洋、南洋、北洋三大舰队，但是因为历史的原因，三大舰队隶属两个系统，东洋、北洋两舰队现在都属于海军司管辖，而南洋舰队则属于东宁节度使司节制。
而为了在战时统一指挥，所以大明海军司就奏请朱皇帝，设立了一个空壳舰队——大明海军远征舰队。在必要的时候，这支壳舰队就能拿出来，然后将三洋舰队的主力舰往里面装了。
在朱慈烺批准了先下手为强，突袭马尼拉湾的作战方略后，郑建功就请命出任了远征舰队提督，而飞翔号就成为了舰队的旗舰，挂上了三军司命旗。
登上飞翔号后，郑建功并没有马上前往定海，而是一路南下，抵达了东宁节度使司所在的厦门城。
厦门城位于厦门岛上，这座岛屿属于泉州府管辖，一度是郑芝龙重点经营的据点，后来又一度荒废。在郑森出掌东宁后开始大规模扩充海上力量，所以原本的安平据点就显得过于狭窄拥挤。所以在洪兴五年时，郑森就将自己的根本之地从安平迁到了厦门，还在厦门岛上构筑了城堡、港口、炮台，还兴建了厦门商埠。
而厦门岛西北，在厦门岛庇护下的一大片平静的海域，就成了郑森苦心经营出来的南洋舰队的主要锚地了。
要进入这块锚地，就必须从厦门岛东西两边的水道通过，而那两条水道又在岸防大炮的严密控制之下！
所以厦门锚地是一块非常安全的舰队母港所在！
不过郑建功抵达的时候，厦门锚地内却没有多少战船，其中西式的盖伦战船一艘也没有，只有二十余艘万石大鸟船停靠在厦门岛的码头旁边。
“船都上哪儿去了？”看见空空荡荡的港口，郑建功就有点心慌，连忙向前来迎接的哥哥郑森发问。
“都去运米了......要到秋天北风乍起的时候才回来。”郑森看着兄弟，“怎么？要用船。”
“对！”郑建功点点头，“已经组成了远征舰队，我是提督！”
“是吗？”郑森笑了起来，“太好了，你总算可以立功了......对了，要和谁打？打哪里？”
“和西班牙打，打马尼拉湾！”
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